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因为亲子鉴定是一门复杂并且严谨的科学技术，必须到正规的亲子鉴定机构中心去做才让人放心，更何况是做胎儿亲子鉴定，国家对这一行为也有很严格的要求，所以选择正规的鉴定机构，也是为了给结果的准确性、母亲和宝宝的安全性以及个人隐私的保密性提供一个更好的保障。在西南地区现在只有一家的亲子鉴定机构——西南政法大学司法亲子鉴定中心。西南政法大学司法鉴定中心依托西南政法大学设立。1986年经司法部批准成立西南政法大学司法鉴定中心，1987年被司法部授予司法鉴定权，2010年10月荣膺司法鉴定机构，且为我国中西部地区的司法鉴定机构。胎儿亲子鉴定是西南政法大学司法鉴定中心的品牌项目,已开展此项工作十年了，由三甲医院西南医院妇产科专家抽取羊水 ，对胎儿没影响，非常的安全和保密。
做胎儿亲子鉴定，必须要等到4个月以后抽羊水(从后一次来月经的天算起，16周以后)，如果有月经推迟的现象，一般平均月经推迟几天，抽羊水的时间就推迟几天，那时子宫里有大量的羊水，只抽出几毫升羊水对胎儿的正常发育基本没有影响。① 西南政法大学司法鉴定中心胎儿亲子鉴定抽羊水由三甲医院----重庆西南医院妇产科专家专业抽取，不影响胎儿发育，每周约定时间可抽取。有效避免到小诊所抽羊水的麻烦和不安全因素。 ② 在抽羊水做胎儿亲子鉴定的同时，可同时做遗传疾病检查和 染色体分析，一举两得(须预约)。 ③ 费用低，准确率为 99.9999% ，鉴定费是 3000 元（不包括抽羊水、打B超的费用,抽羊水、打彩超费用为1100元，共计4100元）。
作胎儿亲子鉴定,要同时准备母亲和可疑父亲的样本 ( 可用一般样本，如带毛囊的头发、血痕样本)
只要从妈妈肚中抽出一点羊水，就可对尚在母亲肚中的胎儿做亲子鉴定，医学技术的进步使得胎儿亲子鉴定成为可能。
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