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亲子鉴定的目的就是要排除假三联，肯定真三联。它主要通过检测与分型按孟德尔定律遗传的人类标记，分析受检者之间的表现是否符合遗传规律，从而判定有无亲生关系。
1. 标准三联体亲子鉴定：由于母子关系已确定，需要鉴定假设父亲与孩子之间是否存在生物学亲子关系。因此，其亲子鉴定的基本原理为：对比母子的遗传标记，找出孩子与母亲相同的基因（生母基因）及孩子不能从母亲获得的基因，后者必定来自生父，称为生父基因，当假设不具有生父基因，则可排除他与孩子的生物学父子关系；当假设父具有生父基因，则可能为生父，通过计算父权指数（PI）和父权相对机会对其为生父可能性的大小作出定量的估计，按美国会议1983年的评估标准，如父权指数超过369.37，父权相对机会超过99.73%时，假设父极可能为孩子的生父。
2. 父母皆疑三联体亲子鉴定：由于父、母双方于子女关系均不确定，需要鉴定父母双方与孩子的亲生关系。比对孩子与假设父、假设母的遗传标记，若孩子具有假设父、假设母所缺乏的基因，则排除他们之间有亲生关系；若孩子的基因可分别从假设父、假设母得到，则他们之间可能有亲生关系。分析被鉴定父、母与孩子的遗传标记，根据基因频率，计算出PI和RCP值，作出定量评估，断定亲生关系。
3. 单亲亲子鉴定：假设父（或假设母）的一对等位基因与孩子的一对等位基因完全不同，例如假设父（或假设）为AB型，子为O型，则可排除他们之间有亲生关系；假设父（或假设母）与孩子有相同基因时，他们之间可能有亲生关系，认定原理同上。
4. 隔代、同胞、旁系亲属间的亲子鉴定：当受检者之间的基因遗传违反遗传规律，如祖父、祖母均为M型，“孙”为N型，兄与“第”的mt-DNA测序结果不同，叔与“侄”的Y-STR分型结果不同等，则排除他们之间有血缘关系；不违反遗传规律；不违反遗传规律，可能有血缘关系，同样可以计算亲子关系指数和亲子关系的相对机会，对可能性大小作出估计。
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