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鉴定的方法主要有以下几种：
（1）人相学上外貌特征的对比。即根据人的面型、身材高矮、耳、鼻、眼等特殊征象的相似程度，作为血型检验的辅助和参考。这就是原始的鉴定方法。
（2）血型鉴定。血型鉴定，就是根据血型的遗传规律对亲生关系的判定。ABO式的血型遗传是受A、B和O三个等位基因控制的。每个人都有其中任何两个基因，这两个基因可以是相同的。在两个染色体配对时，可组合有6种基因，即AA、AO、BB、BO、AB、OO，这6种基因就是决定生物个体特性的遗传基础，称为遗传型。与此相对实际表现出来人的性状称为表现型，这就是通常所说的血型。根据血型的遗传规律判定亲权关系。可以作为判定亲子鉴定的参考。
此外还有皮肤纹理的检查、遗传的疾病、耳垢病、味盲、推断受胎期、生产期以及确定生殖能力等方法。亲子鉴定须综合运用上述方法，其中以血型检验为主。现代生物技术的发展还能将DNA片段的子通过杂交得到DNA指纹，该项技术应用于亲子鉴定，可将随机相同率缩小到三百亿分之一。
当今的科学技术大大地提高了亲子鉴定的准确性，采用DNA基因鉴定技术后，肯定生物学父子关系的准确率在99.99%以上，否定生物学父子关系的准确率则是100%.随着技术的进步，检查的样本由过去单纯的血液，扩大到头发、唾液、骨骼、体液等等都可以做鉴定，甚至还未出生的胎儿就可以利用孕妇羊水做鉴定了。
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